8 сентября 1943 г. православная церковь созвала Собор с участием 19 епископов, 16 из которых только что были освобождены из лагерей; Собор избрал митрополита Сергия патриархом Русской православной церкви. 14 сентября 1943 г., через два дня после интронизации патриарха, Совет народных комиссаров учредил Совет по делам Русской православной церкви. 19 мая 1944 г. был создан еще один орган, Совет по делам религиозных культов, в задачу которого входило руководство отношениями с неправославными конфессиями. Сразу же после своего создания Совет по делам РПЦ и Совет по делам религиозных культов при СНК СССР начали работу по открытию церквей и иных культовых сооружений и регистрации религиозных общин226.
Следует отметить, что оба Совета были учреждены в качестве консультативных органов при правительстве, а не при органах государственной безопасности. Несмотря на то что надзор НКГБ за деятельностью Советов молчаливо признавался внутри страны и открыто осуждался за рубежом, положение Советов как правительственных органов придало повороту в советской религиозной политике теперь уже правовой статус. Это весьма примечательно, поскольку с момента роспуска Комиссии по делам культов в 1938 г. и вплоть до учреждения Советов единственными учреждениями, занимавшимися делами религий, были органы безопасности. Политическое значение новых порядков еще более подчеркнули усилия по возведению видимой преграды между Советами и НКГБ. 7 июля 1945 г. НКГБ издал секретную ориентировку, где его местным органам разъяснялось, что после создания «специальных органов» по религиозным делам функции аппарата госбезопасности будут «ограничиваться интересами разведывательной и контрразведывательной работы»227. Местных сотрудников НКГБ проинструктировали о разделении полномочий между органами безопасности и уполномоченными Советов. Офицеры НКГБ не должны были вмешиваться в деятельность обоих Советов, обсуждать их работу со своей агентурой или использовать институт уполномоченных Советов для прикрытия оперативных мероприятий. В одном случае сотрудник НКГБ получил выговор за использование «внутренних каналов» для передачи Карпову письма от своего агента, поскольку это «подчеркнуло перед агентом связь органов НКГБ с Советом по делам Русской православной церкви при СНК СССР»228. Сотрудникам НКГБ также напомнили, что Советы подотчетны не им, а Совету министров и что «открытое и прямое использование органами НКГБ института уполномоченных в своих целях может привести также к утверждению среди церковников нежелательного мнения о том, что [Советы] являются „филиалами“ органов НКГБ»229.