В рамках развития проблемы первоначала формировалась и вторая важнейшая проблема греческой натурфилософии – проблема изменения мира, связанная с ответом на вопросы: изменяется ли мир и каковы источники его изменения? У Эмпедокла и Анаксагора мир рассматривается как подвижный, а его движущее начало – как внешнее по отношению к первокирпичикам, из которых он состоит. Так, Эмпедокл считал, что четырьмя перво стихиями движут противоположные космические силы Любви и Вражды (притяжения и отталкивания), а Анаксагор полагал, что бесконечным числом первоначал – гомеомерий управляет космический разум (Нус).
Идея единого и многого в контексте изменчивости мира нашла глубокое осмысление в учении знаменитого Гераклита (ок. 530–467 до н. э.) из Эфеса, излагавшего свои мысли образно и метафорично, за что он получил прозвище «Темный». Физический, доступный ощущениям мир бесконечно изменчив – «на входящих в те же самые реки текут то одни, то другие воды» Эти же слова имеют и другой смысл, выражающий проблему познания: люди, попадая в один и тот же мир, получают разные системы представлений о нем. Несмотря на изменчивость и непостоянство, а также на подвижные и противоречивые представления людей о нем, он един. Он имеет сущность (фюзис), спрятанную от поверхностного взгляда. Множественное, противоположное сводится к единому. Сущность космоса (и здесь Гераклит использует метафору) – «вечно живущий огонь, мерно вспыхивающий и мерно угасающий», т. е. вечный космос обладает внутренней упорядоченностью, управляется неизменным законом-логосом, который включает в себя взаимодействие противоположностей (вспыхивание – угасание), порождающих гармонию изменчивого мира. Таким образом, Гераклит не ограничивается поисками основы мира, а идет дальше – к тезису, что бытия нет, есть бесконечное становление мира.