Интересуясь современной наукой, о. Тимофей больше уделял внимания психологии и психопатологии, чем социологии. Замечательно, что будучи редактором «Церковного вестника», после Февральской революции он резко обрушился на Николая II и Г.Е. Распутина, обвинив их в привнесении сектантского духа в Церковь и политику: Распутина он считал типичным основателем секты и психопатом, а Николая II – человеком, не способным взвешенно выслушивать все точки зрения, и потому некритично отнесшимся к Распутину. При этом Тимофей Буткевич до смерти был убежденным монархистом, сторонником подавления студенческих левых движений, неприязненно относившимся к старообрядчеству, – он видел в низовых начинаниях опасность партийности и влияния неформальных лидеров, и иногда эта неприязнь становилась чрезмерной. Левым движениям он противопоставлял проповедь, считая, что белое духовенство должно чаще выступать публично и тем самым создавать надпартийное согласие во всей стране. Свои многочисленные книги он тоже считал публичными выступлениями, обращенными ко всему народу. Он спорил и с Василием Розановым и другими деятелями русского Серебряного века.
Книга «Зло, его сущность и происхождение» (1897) – наиболее подробное на русском языке богословское осмысление проблемы зла. Тимофей Буткевич рассматривает зло не только как моральную категорию, но и как метафизическую проблему, исследуя его корни в свободе человеческой воли и в грехопадении. Он критикует пантеистические и дуалистические концепции (манихейство), утверждая, что зло не является самостоятельной сущностью, а возникает из злоупотребления свободой, дарованной Богом.