Как и следовало ожидать, этим он навлек на себя ненависть всех аптекарей и провизоров, а другие врачи и профессора, завидовавшие его успехам в преподавании медицины и исцелении недугов, присоединились к преследованию под предлогом того, что его назначение профессором университета было произведено без их согласия и что Парацельс был чужестранцем – никто не знает, «откуда он взялся», и, более того, неизвестно, является ли он «настоящим врачом». Все эти придирки и нелепые обвинения, возможно, не имели бы серьезных последствий, если бы он не восстановил против себя членов городского совета, резко выступив против крайне несправедливого, по его мнению, решения, вынесенного в пользу некоего каноника Корнелия из Лихтенфельса, которого он ранее спас от смерти, когда от него уже отказались другие врачи, и который повел себя по отношению к Парацельсу очень неблагодарно. Вследствие своего неосторожного шага Парацельс был вынужден тайно и спешно покинуть Базель в июле 1528 г., чтобы избежать нежелательных осложнений.8
После этого события Парацельс вновь вернулся к бродячей жизни, странствуя по стране, как в юности, останавливаясь в деревенских харчевнях и ночуя на постоялых дворах. За ним следовали многочисленные ученики, привлекаемые или жаждой познания, или желанием овладеть его искусством и использовать последнее в своих целях. Самый известный из них – Иоганн Опорин, который в течение трех лет был его секретарем и ассистентом, а впоследствии стал профессором греческого языка и знаменитым издателем, книготорговцем и печатником Базеля. Парацельс более чем неохотно раскрывал свои секреты, и Опорин позже весьма неодобрительно отзывался о нем в связи с этим, чем сыграл на руку его врагам. Но после смерти Парацельса он жалел о своем неблагоразумии и выражал преклонение перед учителем.