Был ли Парацельс оскоплен в детстве в результате несчастного случая или пьяным солдатом, как гласит предание, или не был – это доподлинно неизвестно. Известно, однако, что на его лице не росла борода, и его череп, сохранившийся до наших дней, по форме больше напоминает женский, чем мужской. Его всегда рисуют безбородым. Его портрет в полный рост до сих пор можно увидеть в Зальцбурге, на стене дома, где он жил (Линцер-штрассе, 365, напротив церкви св. Андрея). Другие портреты Парацельса имеются в издании Хузера (Huser) и в первом томе «Bibliotheka Magica» Гаубера (Hauber). Голова Парацельса, изображенная Кольбахом на его знаменитой картине «Век Реформации», находящейся в Берлинском музее, идеализирована и мало похожа на оригинал.
В ранней юности Парацельса обучал наукам отец, преподавший ему основы алхимии, хирургии и терапии. Парацельс всегда чтил память своего отца и отзывался о нем очень тепло – не только как об отце, но и как о друге и наставнике. Продолжил учебу он у монахов монастыря св. Андрея, расположенного в долине Савоны, под руководством ученых епископов Эберхарда Баумгартнера, Матиаса Шейдта из Роттгаха и Матиаса Шахта из Фрайзинга. По достижении шестнадцати лет его отправили на учебу в университет Базеля. После этого его обучал знаменитый Иоганн Тритемий из Шпангейма (1461–1516), настоятель монастыря св. Иакова в Вюрцбурге, один из величайших адептов магии, алхимии и астрологии, и именно под руководством этого учителя особенное развитие и практическое применение получили склонности Парацельса к оккультным наукам. Тяга к оккультизму привела его в лабораторию богача Сигизмунда Фуггера в Шватце (Тироль), который, как и аббат Тритемий, был известным алхимиком, способным передать ученику многие ценные секреты.