Спустя неделю Иоанн отправился вместе со всем своим домом в Меркушино. Совершив над гробом праведного панихиду, он взял с гроба земли и стал обтирать ею свое тело и тотчас же почувствовал себя вполне здоровым, как будто никогда и не был болен.
Не только сам Иоанн испытал над собой помощь свыше по молитвам святого, но даже и дочь его, девица 15 лет, удостоилась получить по молитвам нового целителя избавление от своего недуга. Ее лицо стало покрываться неисцелимым струпом. Тогда отец ее, над самим собой недавно испытавший чудесное исцеление при гробе праведного, с твердой верой обратился к сему угоднику. Взяв свое семейство, он отправился в Меркушино и там попросил священника совершить панихиду над гробом праведника. Так как тогда еще не было известно имени сего угодника Божия, то его поминали «именем, егоже Господь весть». После сего болящая обтерла землей с гроба святого свое лицо и получила, по молитвам его, полное исцеление.
В том же 1694 году совершилось новое чудо. Верхотурский воевода Иоанн Циклер сам рассказал о сем преосвященному митрополиту Тобольскому Игнатию, который прибыл в Верхотурье для освящения вновь построенного храм во имя Пресвятой Троицы.
Один из его слуг, по имени Петр, объезжал коня. Вдруг конь взбесился, сбросил с себя Петра, раздробил ему на одной ноге кость. Петр даже не мог сам приподняться с земли, нога его сильно распухла. Страдая, он дал обет сходить в село Меркушино, отслужить молебен святому Михаилу Архангелу и отпеть панихиду над гробом нового чудотворца. Но вследствие сильной боли он не мог отправиться туда пешком. «Посему он обратился ко мне с просьбой, чтобы я позволил ему ехать в Меркушино и дал лошадей, что я и приказал тотчас же исполнить», – рассказывал Циклер митрополиту.