Пробыв в обители несколько лет в молчании и смирении, подвижник приобрел немалую опытность в духовной жизни. Тогда он возревновал о высших подвигах благочестия и испросил у игумена Ферапонта благословения удалиться в излюбленное место – на реку Тиксну, чтобы там подвизаться в полном уединении и безмолвии, предаваться молитве и посту. Игумен не стал прекословить и дал преподобному свое благословение. В монастырском храме во имя Преображения Господня, у гроба преподобного Феодосия, игумен отслужил молебен, со слезами простился с уходящим иноком и благословил его иконой Пресвятой Троицы. Плакал и преподобный Вассиан, прощаясь с братией, и, припадая к ногам настоятеля, молил его хоть изредка навещать своего духовного сына.
И снова подвижник прибыл на Тиксну, и душа его исполнилась великой радостью. Войдя на паперть храма Христа Спасителя, он повергся пред иконой и горячо молился, прося Божия благословения на новые подвиги. Потом отправился к настоятелю храма, священнику Нестору Андрееву, и усердно просил священника, весь причт и прихожан уступить ему немного места на погосте для построения небольшой келлии. Те беспрекословно согласились, а прихожане даже выразили желание срубить иноку и самую келлию.
Все время, пока строилась келлия, преподобный Вассиан проводил на паперти церковной, пребывая в посте и молитве. Когда же постройка была окончена и священник по просьбе его, отслужив молебен перед иконой Святой Троицы, освятил келлию, подвижник поселился в ней. Это было в 1594 г.
Достигнув исполнения своего желания, преподобный Вассиан с новым усердием предался подвигам поста, молитвы и воздержания. Неопустительно каждую службу посещал он церковь Божию; у себя в келлии непрестанно молился, ежедневно совершая полное иноческое правило. Питался тем, что по усердию приносили ему добрые люди. В его келлию входил один духовник. Когда же приносили преподобному подаяние или просили его совета, он не принимал пришедших в келлию, но беседовал с ними через окошко. Постелью служил подвижнику голый земляной пол, но большей частью он не смыкал очей и целые ночи проводил в молитве и коленопреклонении.