Где святой Афанасий получил дальнейшее развитие, не имеется сведений. Но несомненно он был одним из образованнейших людей своего времени: знал творения святых отцов, жития святых, а также и сочинения западноевропейских историков; свободно писал по-польски, по-латински и хорошо был знаком с греческим языком.
В своей молодости святой Афанасий «служил в разных местах», то есть вероятно как человек, выдающийся по своему развитию, занимался преподаванием в богатых домах польско-русского дворянства. Когда канцлер литовский Лев Сапега, с ведома польского короля Сигизмунда III (1587–1632), был назначен опекуном над Яном Фавстином Лубой, которому поляки с детства внушили мысль, что он законный наследник Московского престола (сын Марины Мнишек, жены первого Лжедмитрия), Афанасий Филиппович, как известный по своему образованию человек, был приглашен к нему инспектором (надзирателем) и в этой должности прослужил семь лет при дворе Сапеги7.
Вероятно суетная, беспечная и не в меру разгульная жизнь, которую пришлось наблюдать святого Афанасию при дворе богатого польского вельможи, произвела в нем нравственный переворот, и он стал часто задумываться «над греховностью века сего». Размышления привели его к тому, что он решил порвать связи с миром, отошел от Сапеги и в 1627 г. принял монашеское пострижение в Виленском Свято-Духовом монастыре. Отсюда святой послан был на послушание сперва в монастырь Кутеинский под Оршою (Могилевская губерния), а затем в Межигорский около Киева, где «немалое время учился воле Божией и жизни по закону»8.
Из Межигорья святой Афанасий был снова позван в Вильно. При прощании межигорский игумен сказал преподобному: «Брат Афанасий, сохрани в глубине сердца по крайней мере три вещи: будь в послушании у своих старших, ревнуй о церковном правиле и стерегись бесед с женщинами; когда, при помощи Божией, сохранишь это, спасешься и будешь потребен на службу Церкви Христовой. Иди с миром!»