8 сентября 1480 года после непродолжительной болезни преподобный Серапион скончался на 90-м году своей жизни и был погребен своим учителем преподобным Евфросином. От подвигов воздержания и тяжких трудов тело преподобного представляло из себя одни кости и кожу. Ветхое рубище и власяницу подвижника после смерти его никто не хотел взять себе. Не только братия, но даже и нищие не дотронулись до этих одежд, когда они были оставлены за монастырской оградой.
И после кончины своей, как и при жизни, преподобный Серапион по воле Божией совершил много чудес, являясь скорым помощником и врачом недугов телесных и душевных для притекающих к нему с верою больных и скорбящих.
Один псковский мальчик Павел совершенно ослеп. Однажды его родители в день памяти преподобного Серапиона привели мальчика в монастырскую церковь. За службой больной задремал и увидел, что какой-то благообразный старец, – это был преподобный Серапион, – коснулся его очей своей рукой. Павел тотчас получил исцеление и, проснувшись от этого прикосновения, стал видеть.
Одна женщина из Ивангорода, по имени Мелания, не любимая своим мужем, часто терпела от него побои. Несчастная женщина хотела покончить жизнь самоубийством. В отчаянии она готова была броситься в прорубь, как вдруг явился преподобному Серапион и удержал ее за руку с такими словами: «Зачем ты хочешь погубить жизнь свою? Молись преподобному Серапиону Толвскому и иди в свой дом с радостью. Отселе муж будет любить тебя, а ты не ропщи на него и не бранись с ним». Так случилось все по словам преподобного.
Больным лихорадкой, параличом и другим недужным преподобный Серапион по молитве их подавал чудесную помощь.
Мощи преподобного Серапиона почивают под спудом в Спасо-Елеазаровской обители. Память его празднуется местно дважды в год: вместе с памятью преподобного Евфросина – 15/28 мая и отдельно – в день блаженной кончины23.