Память святого Афанасия, как мученика за веру, на Юго-Западе Руси была настолько живуча и сильна, что не нуждалась ни в каких внешних уверениях и свидетельствах. Поэтому до нас не сохранилось записей его чудес вплоть до середины XIX века. Под 14 ноября 1856 года в местных записях отмечается следующее знамение Божие от мощей святого Афанасия. Помещик Владимирской губернии Николай Александрович Поливанов, возвращаясь из-за границы, должен был задержаться в Бресте вследствие тяжелой болезни десятилетнего сына Александра. Болезнь развивалась быстро и не оставалось никаких надежд на выздоровление отрока. Пригласив местного священника для напутствия сына Святыми Таинами, отец стал горько скорбеть, что здесь нет святыни, как в центре России, чтобы можно было прибегнуть к ней с горячей мольбой об исцелении ребенка. Священник ему сказал, что в Бресте имеется святыня – мощи преподобного Афанасия, и Поливанов стал просить привезти ковчег с мощами, отправить при больном молебствие и приложить его к ним. Благочестивое желание отца было исполнено, и как только ковчег с частицами мощей прикоснулся к Александру, страдания болящего тотчас же прекратились и он, вопреки ожиданиям врачей, вскоре совершенно выздоровел. 15 августа 1857 года благодарный отец прислал в Брест серебряную с позолотой раку весом тринадцать с половиной фунтов, в которую и были торжественно переложены мощи святого Афанасия.
Под 14 мая 1860 года записано следующее чудо от святых останков преподобного. Местный протоиерей Василий Соловьевич страдал грыжей, так что у него стали выходить наружу внутренности; доктора советовали больному сделать довольно тяжелую операцию, но он не согласился и стал готовиться к смерти; исповедавшись, он пожелал перед приобщением Святых Таин отслужить молебен святому Афанасию, которого он весьма почитал; во время молебна внутренности его вошли на свое место; больной, к полному удивлению врачей, совершенно оправился и не испытывал больше приступов боли.