Устрашенный видением, святой Афанасий пять дней был чрезвычайно слаб, не пил, не ел и все раздумывал о том, как ему поступить. Он знал, что смелые речи на сейме снова вызовут суд над ним и осуждение, и в то же время боялся нарушить волю Божию. Смущался великостью дела, которое на него, смиренного, возлагал Господь, и успокаивал себя тем, что даже ослица Валаама говорила некогда по воле Божией. Подобно другим инокам хотел бы преподобный сидеть в обители, молясь Творцу своему за себя и за всех властей, духовных и светских, а особливо за своих благодетелей, но, вынуждаемый волей Божией, он начал готовиться к генеральному сейму 1645 г. Преподобный Афанасий имел намерение, как в предшествующий сейм, поднести корою и сановникам в нескольких тетрадях снимок Купятицкой иконы Пресвятой
Богородицы вместе с описанием чудес от нее во время путешествия в Москву, а затем сделать предложение об отмене унии и успокоении православной веры. Но преподобному не суждено было осуществить свои намерения: в ноябре 1644 г. он был арестован в Бресте, отвезен в Варшаву и брошен в оковы, в которых содержался более года12.
И в тюрьме, как на свободе, преподобный более всего отдавался скорби о тяжелом положении Православной Церкви в Польско-Литовском государстве и мысли о «полном и общем успокоении» истинной веры. Лучшим выражением его тогдашнего настроения служит стихотворение, которое он составил, сидя в тюрьме, и, положив на голос, распевал для утоления душевной боли: «Пошли покой Церкви Своей, Христе Боже! Не знаю, может ли кто из нас терпеть дальше! Дай нам помощь в печали, чтобы мы всецело отдались вере святой, непорочной».