Преподобный имел намерение вбегать в костелы и возглашать те же слова, но его догнали слуги владык, съехавшихся на сейм, и, втолкнув в болото, глубиной выше колен, продержали его до прихода с постоялого двора воза. Произошло это в марте месяце: страдалец терпел великую стужу. Еле живой на возу был доставлен во владычную гостиницу и снова кинут в заключение. По жалобе некоего Даниловича, архиерейского писаря, «старшие отцы судят» преподобного и, «не имея на это никакого права10, постановляют решение: лишают его игуменства и пресвитерства», затем препровождают его, как зачумленного, от одной духовной особы к другой и по окончании сейма отправляют на суд к Киевскому митрополиту, которым тогда был знаменитый Петр Могила.
Консистория митрополита оправдала Афанасия, и варшавское определение было уничтожено. «Когда я на суде, – замечает Афанасий, – припомнил, как меня в Варшаве водили от гостиницы к гостинице, отец Гизель11 сказал: «Как от Анны к Каиафе», то есть сравнил варшавский суд над Афанасием с судом первосвященников иудейских над Иисусом Христом.
Восстановленный в пресвитерском сане, преподобный неоднократно совершал святые литургии в Киеве, как в пещерах, так и в церкви Успения Богоматери, а когда православное Брестское братство вошло к митрополиту с просьбой вновь прислать на игуменство святого Афанасия, Петр Могила исполнил это ходатайство братчиков. В грамоте братству по поводу возвращения игумена митрополит ставил на вид, что преподобный посылается на игуменство «после надлежащего вразумления духовного за поступок, который всей Церкви
Российской причинил скорбь и трудности», и что Брестский игумен вперед «будет осторожней поступать в делах церковных, особенно же перед королем, его милостью, господином нашим милостивым и всем пресветлым его сенатом».