Против последней фразы подписано: «На подлинной Высочайшей конфирмации тако: «Согласен».

Страница из дела Куцинского с его автографом внизу
Итак, мы видим, что отец Трофим обвинял архиерея в очень серьезном по тем временам преступлении – оскорблении Государя (как так: Государь – и «немилостивый»?), а также в растрате 20 000 рублей казенных денег, выделенных на помощь духовенству, обращавшему униатов. Владыка Иоанникий, отрицая эти обвинения, сам указал на взяточничество отца Трофима с «присоединяющихся от унии» и что священник хотел без согласи я на то Иоанникия просить Государя о награде за такое миссионерство.
В Тайной экспедиции все дело свелось к вопросу, говорил ли владыка Иоанникий, что Павел I «немилостивый» или не говорил. Так, в отзыве Министерства Юстиции под заглавием «О доносе на епископа Иоанникия» суть дела сводится к следующему экстракту: «Епископ <…> непристойным образом якобы рассуждал о оказываемых от Его Императорского Величества милостях, которые состояли в том, что та умерла, кая была милостива, а он уже не милостивый». Более ни о чем в справке по делу епископа Иоанникия, предоставленной Министерством в Комиссию по разбору прежних уголовных дел, не говорится. О потерянных двадцати тысячах речи нет.
«Русский биографический словарь» А.А. Половцова отмечает, что «на долю Иоанникия выпала забота по искоренению унии и укреплению в вере воссоединившихся с Православной Церковью» в Подолии5 и что «о нем осталась слава как о покровителе сирых и вдов».
Между тем, как удалось выяснить, часть денег действительно пропала. В 1794 году Высочайшим указом на содержание духовенства, обращающего униатов, было отпущено 20 000 рублей в общее распоряжение епископа Виктора (предшественника Иоанникия) и Черниговского генерал-губернатора. А в Указе Святейшего Синода от 17 декабря 1800 года говорится, что 7000 рублей из этой суммы «затерялись» и найти их не представляется возможным.