Структура произведения выглядит стройной и упорядоченной. «Толкования на четырнадцать Посланий святого апостола Павла» предваряются общим предисловием (προθεωρια), что говорит в пользу цельности этого произведения Феодорита и о единстве его замысла. Но фактически оно представляет собой собрание четырнадцати комментариев в соответствии с числом Посланий апостола Павла. Толкования, в свою очередь, имеют и собственную внутреннюю структуру. Каждое из них начинается с предисловия (или содержания – υποϑεσις). Крупные из них делятся на тома (отделения – τομοι). В Толковании на Послание к Римлянам таких отделений пять, на Первое послание к Коринфянам – четыре, на Второе к Коринфянам – два, на Послание к Галатам – три. Каждое из отделений-томов, как правило, начинается кратким предисловием и заканчивается славословием Святой Троице. Отделения-тома не совпадают с традиционным современным делением библейского текста на главы40.
Любопытна стилистическая манера толкования блж. Феодоритом текста святого Апостола. Она отнюдь не научно-монотонна, но весьма сложна и даже диалогична. Феодорит часто продолжает мысль Апостола поясняющими словами, сказанными от его лица, как бы вживаясь в мысль Апостола41. А кроме того, с самим Павлом и его словами он иногда и впрямь вступает в некое собеседование, даже задавая ему вопросы, которые служат своего рода гармоничным литературным переходом к следующей мысли или следующему стиху Посланий. Например: «О чем же молишь ты, Апостол?» (с. 424). Или, толкуя 1 Тим. 4, 12: Никтоже о юности твоей да нерадит, как бы от лица самого св. Тимофея, кирский экзегет отвечает апостолу Павлу и вопрошает: «Но сие не от меня зависит. Итак, почему же повелеваешь мне относящееся к другим?» (с. 645).