В зрелом возрасте отец Иоанн также не отличался крепким здоровьем. Он болел золотухой, страдал от желудочных заболеваний и постоянно терзавшей его душевной слабости, от которой мучился и Толстой, о чем оба не раз писали в своих дневниках. Но если Толстой до старости оставался физически могучим человеком, богатырем, поднимал двухпудовые гири, бегал наперегонки с детьми, катался на коньках и велосипеде, крутился на турнике, то отец Иоанн представлял собой биологическое чудо, не объяснимое с точки зрения физиологии. Он спал по четыре часа в день, питался наспех в гостях во время ежедневных поездок в Петербург или путешествий по России, пренебрежительно относился к своему здоровью, считая, что чрезмерное внимание к телесной стороне жизни есть верный признак безбожия и дьявольского искушения. При этом отец Иоанн дожил до семидесяти девяти лет в непрерывном церковном и общественном служении. И в глубокой старости он выглядел гораздо моложе младшей сестры.
В 1905 году Дарья Ильинична Малкина (в девичестве Сергиева) приехала из Суры к отцу Иоанну на празднование 50-летия его пастырства. Она остановилась в Петербурге на квартире своей дочери Анны Семеновны и зятя – священника Ивана Николаевича Орнатского и вскоре тяжело заболела. В Кронштадт была отправлена срочная телеграмма. Отец Иоанн приехал, исповедал сестру, причастил и окропил святой водой помещение.
И тогда, по воспоминаниям духовной дочери отца Иоанна Е.В.Духониной, между братом и сестрой состоялся такой разговор:
– Братик, а сколько тебе лет, ты старше меня или младше?
– Мне семьдесят шесть, а тебе? – отец Иоанн засмеялся.
– А мне восемь шестьдесят (шестьдесят восемь. – П.Б.)5. А выгляжу-то я куда старше тебя.
Путешествовавший с отцом Иоанном в Суру художник С.В.Животовский писал: «За всё наше путешествие нам не раз приходилось встречать ровесников отца Иоанна, его однокашников по семинарии. Но какие же это всё дряхлые старики сравнительно с ним: он кажется перед ними бодрый юноша, полный сил и энергии». Это был 1903 год, отцу Иоанну семьдесят четыре…