Вскоре после женитьбы Алексей Мечев был посвящен в сан диакона. 18 ноября 1884 года в Никитском монастыре он был рукоположен епископом Можайским Мисаилом. После рукоположения о. Алексий был переведен в храм великомученика Георгия на Лубянке. Сделавшись служителем алтаря, диакон Алексий испытывал пламенную ревность о Господе, а внешне проявлял величайшую простоту, смирение и кротость.
В семье о. Алексия и Анны Петровны около четырех лет не было детей. Затем родились старшие дочери Александра (1888) и Анна (1890).
Слабое здоровье супруги было предметом постоянных забот о. Алексия. Он всячески старался ее поддержать. Все лето Анна Петровна с детьми проводила в деревне.
В 1891 году в семье Мечевых родился третий ребенок – сын Алексий. Когда ему было около 10 месяцев, в деревне, где летом отдыхала Анна Петровна с детьми, начался пожар. В общей тревоге малыша вынесли из избы и положили на землю. Младенец простудился и умер.
В 1892 году родился второй сын – Сергей. Болезненность матери сказалась и на нем – мальчик родился недоношенным и едва выжил.
В том же году о. Алексий был рукоположен епископом Нестором (Метаниевым), управляющим московским Новоспасским монастырем, во священника. Хиротония состоялась в Заиконоспасском монастыре.
Священническое служение
После рукоположения о. Алексий был назначен настоятелем одноштатной церкви святителя Николая в Кленниках на улице Маросейке. В то время каждый храм имел свой приход, то есть приписанные к каждому из московских храмов ближайшие жилые дома, население которых составляло паству этого храма. Церковь святителя Николая в Кленниках была маленькой, и приход, числившийся за ней, был очень мал. Поскольку там же было несколько больших храмов.
За храмом во дворе находился маленький домик для причта. Сюда и перебрался о. Алексий с семьей. Дом был ветхим, полусгнившим; стоящие вплотную соседние двухэтажные дома затеняли окна. В дождливое время ручьи, сбегая вниз с Покровки и Маросейки, текли во двор храма и в подвал домика, в квартире всегда было сыро.