Святитель принимал такое отношение близко к сердцу, и это не могло не отразиться на его здоровье. В конце концов после трех лет служения на Воронежской кафедре, не видя конца и края проблемам, он в марте 1766 года вновь подает прошение об увольнении на покой.
Уход на покой
Святителю Тихону снова отказали в увольнении, и он продолжил заниматься епархиальными делами, не оставляя, однако, мысли о том, что в монастырском уединении ему было бы лучше.
В последний период пребывания на Воронежской кафедре перед святителем Тихоном стояли те же проблемы, что и в начале, и он все с тем же усердием занимался их решением. Так в это время он достраивал кафедральный собор во имя Архангела Михаила. Впоследствии его преемнику останется только освятить великолепный кафедральный собор. В это время был практически укомплектован преподавательский и административный состав семинарии, так что на будущее время Воронежская епархия была обеспечена образованными священно- и церковнослужителями.
И по-прежнему святитель Тихон стремился усовершенствовать душевное состояние клира и паствы, вновь и вновь наталкиваясь на непонимание и противодействие. Так именно в этот период святитель, совершая очередной объезд епархии, наткнулся на тетрадки с молитвенными заговорами, как оказалось, имевшие большую популярность не только у мирян, но и у духовенства. Узнав об этом, он вновь рассылает по приходам наставления, в которых предостерегает клир от подобных увлечений, противоречащих учению Православной Церкви.
Его проповеди в этот период становятся более резкими и обличительными, причем он обличает не только увлечения языческими обычаями, но и немилосердие к ближним, стяжательство, неправедное приобретение, коррупцию. Несмотря на то, что святитель Тихон никогда не переходил на личности, его обличения раздражали паству, в том числе и людей влиятельных. Они неоднократно писали в Синод, жалуясь на нападки святителя. В Святейшем Синоде хода таким жалобам никогда не давали, зная духовную ревность святителя, но от него не могло скрыться недоброе отношение паствы. Это окончательно расстроило нервы святителя Тихона и летом 1667 года он пишет прошение императрице, прося у нее увольнения на покой.