Почти одновременно с прошением о строительстве собора святитель подает в Синод прошение о возобновлении в Воронежской епархии духовной семинарии, закрытой его предшественником из-за безденежья, и об ассигнованиях на ее содержание. Некоторое время до этого он пытался наладить духовное образование силами самой епархии, но эти попытки потерпели неудачу – прихожане, охотно жертвовавшие на восстановление храмов, отказывались заниматься благотворительностью, как только речь заходила о духовном образовании.
В отличие от других финансовых просьб, эта просьба святителя была удовлетворена. Получив нужные средства, святитель Тихон сразу же стал устраивать в Воронеже семинарию. В этом деле ему очень помог опыт служения в Тверской епархии. К сожалению, святитель не сразу смог найти достойных помощников, поэтому поначалу все было на нем. Но вскоре его деятельность дала свои плоды – из других епархий были выписаны преподаватели и администраторы, ставшие надежными помощниками святителю. По инициативе святителя Тихона в семинарию принимались не только дети духовенства и причта, но и ученики из других сословий.
Но, несмотря на неустанные труды святителя Тихона, в Воронежской епархии по-прежнему остро стояла проблема церковного клира и духовной администрации. В частности святитель был вынужден разбираться с сотрудниками духовной консистории, которые притесняли духовенство и грубо обращались с ним. Святитель пытался внушить им уважение к духовенству, но все оставалось по-прежнему. В конце концов он был вынужден постоянно вмешиваться в работу консистории по жалобам духовенства. Кроме того, он первый из иерархов в Русской Церкви запретил подвергать священников телесному наказанию.