Главным препятствием в начальной деятельности владыки Тихона на Воронежской кафедре было глобальное безденежье. Дело в том, что в связи с секуляризацией церковных земель у Церкви отобрали большую часть некультового имущества, но денежного возмещения Церковь еще не получила – чиновники Коллегии экономии всячески затягивали процесс. В Воронежской же епархии проблема усугублялась смертью архиерея – предшественника святителя Тихона. Все оставленные им средства также были изъяты Коллегией экономии, и возвращать их его преемнику чиновники не спешили, устраивая привычную бумажную волокиту. Впоследствии ни святителю Тихону, ни его преемникам так и не удалось вернуть эти деньги.
Святитель Тихон писал в Синод, прося ускорить процесс выплат компенсации за отобранное в казну церковное имущество. Для того чтобы подкрепить свои прошения фактами, он созывает комиссию, которая составила подробную опись храмов Воронежской епархии. В этой описи было указано, в каком состоянии находились храмы, и составлена смета – сколько нужно средств на их ремонт. Сумма по тем временам получилась внушительная – 12 тысяч рублей. Получить такую сумму во время секуляризации церковного имущества было нереально, но святитель не оставлял надежды, посылая в Синод новые прошения и напоминая о бедственном состоянии Воронежской епархии. Однако ему по большей части приходилось самому изыскивать средства на епархиальные нужды.
Помимо финансовых проблем святитель столкнулся и с проблемами духовными; наиболее тяжкими из них были нравственное состояние духовенства и на этой почве проповедь старообрядчества. С одной стороны, эти проблемы были сложнее финансовых, а с другой – святитель Тихон мог начать исправление сложившейся ситуации, не дожидаясь помощи извне. Он так и сделал.