Во сравнению с древней Новгородской кафедрой, Воронежская епархия, где предстояло служить святителю Тихону, не насчитывала и ста лет. Она была учреждена 27 ноября 1681 года. У этой епархии не было устоявшейся канонической территории – она то увеличивалась, то уменьшалась из-за того, что к ней либо присоединяли земли, ранее входившие в другие епархии, либо возвращали их в прежнее состояние. Кроме того, население Воронежской епархии было весьма непростым. Во-первых, Воронежскую епархию наводняли различные общины раскольников-старообрядцев, не приемлющих официальную Православную Церковь, и ведущих активную проповедь. Во-вторых, большая часть населения, считающегося православным, по сути, была двоеверной – наряду с православным богослужением открыто и почти официально справлялись языческие праздники. Кроме того, вследствие секуляризации церковных земель Воронежская епархия была практически разорена – разрушались церковные здания, не было духовного образования, духовенство по большей части жило в бедности. Все это серьезно мешало нормальной епархиальной жизни.
Когда святитель Тихон прибыл в Воронежскую епархию, состояние всех церковных дел повергло его в крайнее уныние, тем паче что душа его была расстроена еще в Москве, как впоследствии писал он сам. Дело в том, что в Москве, по воле императрицы, он вынужден был присутствовать на окончании суда над священномучеником Арсением (Мацеевичем). Святителя Тихона потрясла и трагическая участь святого Арсения, выступившего против секуляризации церковных земель, и неприглядная роль в этом процессе владыки Дмитрия (Сеченова) – благодетеля и старшего друга. По сути, именно митрополит Дмитрий был главным обвинителем священномученика Арсения.
Из-за собственных душевных переживаний и расстроенных епархиальных дел святитель Тихон пребывал в отчаянии. В таком состоянии он пишет в Синод, прося уволить его на покой, несмотря на то, что с момента назначения его на кафедру не прошло и трех месяцев. Но прошение святителя осталось без ответа. Святитель Тихон увидел в этом волю Божию и принялся за исправление церковной жизни в Воронежской епархии.