Викарием Новгородской епархии святитель Тихон пробыл около полутора лет – в это время ему практически в одиночку приходилось решать все административные вопросы. Его епархиальный архиерей – владыка Дмитрий, будучи первоприсутствующим членом Синода, все свое время вынужден был проводить в Санкт-Петербурге. Он очень ценил своего усердного викария, поэтому, когда 1762 году в Синоде было предложено перевести епископа Тихона на Костромскую кафедру, владыка Дмитрий сделал все для того, чтобы святитель остался в Новгороде.
За время, проведенное святителем Тихоном в качестве викария Новгородской епархии, он пережил большое личное горе – его сестра, жизнь которой он надеялся облегчить, скончалась. Он сам отпевал ее и глубоко скорбел о ее кончине.
В 1762 году на престол взошла императрица Екатерина II. На коронации двор и Святейший Синод были в полном составе. Для управления текущими делами Церкви на пост председателя Синодальной конторы было решено назначить викария, Новгородского епископа Тихона. В это время святитель стал известен императрице. Поэтому, когда скончался Воронежский епископ Иоанникий (Павлуцкий), императрица Екатерина отвергла кандидатов, предложенных Синодом, указав: «Быть епископом Воронежским викарию Новгородскому». Против воли императрицы никто не стал возражать.
14 марта 1763 года был издан указ о назначении епископа Тихона епископом Воронежским. Одновременно императрица выразила желание, чтобы епископ Тихон по дороге в свою новую епархию остановился в Москве и присутствовал на последнем совещании в суде над священномучеником Арсением (Мацеевичем).