В многовековой истории обители выделяется также событие, именуемое «Соловецким сидением» (1668–1676), Это восстанием иноков против церковных реформ, непродуманно проводившихся Патриархом Московским и всея Руси Никоном при поддержке царской власти. Вооруженное сопротивление царскому войску, продолжавшееся восемь лет, завершилось поражением монахов, что привело к разорению монастыря. Посещение обители Петром I (1694, 1702) стало свидетельством прощения опального монастыря.
В середине XVIII века серьезные изменения претерпело монастырское хозяйство. В 1764 году по высочайшему указу, так называемым «екатерининским штатам» в государственное владение перешли многие церковные и монастырские земли. Число монахов в обителях было строго регламентировано светскими чиновниками. Такие реформы и вмешательства государства в церковную жизнь оказали сильное подрывное действие на Православие в России. Однако, для Соловецкой обители такие нововведения имели и положительные стороны. Государство, взяв в свое управление соловецкие вотчины, приняло на себе обязанность защищать обитель и весь северный край от неприятеля.
В 1765 году монастырь становится ставропигиальным, то есть из епархиального подчинения переходит в ведение Святейшего Синода, позднее лично патриархам, что и продолжается по настоящее время. В 1777 году было предпринято строительство каменной колокольни, а в 1798 году возведена больничная церковь во имя святителя Филиппа. В XIX веке новый каменный храм, возведенный на месте деревянного, изменил архитектурный облик обители; в 1834 году завершено строительство церкви святителя Николая.
Монастырь не избежал суровых испытаний и военного времени. В 1854 году, когда Россия переживала трагические события Крымской войны, древние крепостные стены выдержали нападение с моря англо – французской эскадры. Оборону монастыря возглавил тогда мужественный архимандрит Александр (Павлович).