В 1558 году был заложен главный храм обители – Спасо-Преображенский собор с приделом преподобных Зосимы и Савватия, который был освящен уже в отсутствие игумена Филиппа. В 1566 году игумен Филипп принял сан митрополита Московского и всея России. Святитель Филипп заступался за невинных людей, жертв опричнины, и обличал царя. Не страшили митрополита ни угрозы, ни попытки опорочить его имя. Неугодного святителя сослали в Тверской Отрочь монастырь, а в 1569 году он принял мученическую кончину от руки Малюты Скуратова и был погребен в этом монастыре за алтарем соборной церкви. Мощи святителя Филиппа были перенесены в Соловецкий монастырь по прошению игумена Иакова, которое было представлено от имени всей братии царю Феодору Иоанновичу в 1591 году.
В конце XVI века монастырь становится «великой государевой крепостью». При игумене Иакове в 1582–1594 годах из природного камня вокруг монастыря были построены мощные крепостные стены и башни, о которых упомянуто выше. Очертания этих стен обители напоминают корабль. Вел строительство старец Трифон (Кологривов). Волны многих военных бурь разбивались потом о них, стихая перед их непоколебимой твердыней. Тогда же, вместе с многочисленными иноками и паломниками-богомольцами, на главном соловецком острове стали размещаться и служащие царского воинского гарнизона. Поэтому в то время наиболее ревностные искатели пустынной жизни избрали для своих духовных подвигов самый удаленный из соловецких островов – Анзер. Он самый северный из прочих. Это край земной тверди, за которым только студеный Ледовитый океан. Так, подражая подвигам первожителей-чудотворцев Савватия, Зосимы и Германа, в XVII веке на Анзерском острове появились монахи-отшельники под предводительством преподобного Елеазара. Ими был основан Свято-Троицкий скит. А позже, в начале XVIII столетия, миру открылась вторая Голгофа со скитом, основанным величайшим аскетом – преподобным Иовом, бывшим духовником государя – императора Петра I, – в схиме Иисусом. Позднее эта святая соловецкая гора обагрилась кровью многочисленных СЛОНа, созданного богоборческой властью, обратившей храмы и кельи подвижников в места пыток и тюремные камеры. Здесь приняли мученическую кончину многие православные христиане, среди которых сотни священнослужителей. Множество из них прославлено Русской Православной Церковью в лике святых новомучеников XX века ко вселенскому общецерковному почитанию. В их числе священномученик Петр (Зверев), архиепископ Воронежский и Задонский.