Получив таким образом разрешение пройти в храм, Мария смогла поклониться Кресту Господню. Радостная она поспешила обратно к иконе Богородицы, где поблагодарила её за помощь. Едва она отошла от того места, как услышала женский голос, как бы с неба: «Если перейдешь Иордан, то найдешь славное упокоение». Это был знак. Мария немедленно отправилась в путешествие. На границе населенных земель с пустыней одиноко стоял храм в честь Иоанна Крестителя. Здесь наша героиня впервые в своей жизни причастилась Тела и Крови Господа. А затем, взяв с собой только три хлеба, перешла реку Иордан и стала удаляться в пустыню. Где провела в подвиге сорок семь лет, пока её не нашел старец Зосима.
Годы, проведенные в тяжелых испытаниях и лишениях, закалили Марию. Долго она боролась с теми страстями, что обуревали её. Память назойливо рисовала ей картины прошлого, где она находила утешение в лучшем вине, закусках и компании молодых мужчин. Но постепенно это все стало уходить. И осталась лишь она одна, наедине с Богом. Именно тогда, когда она очистилась от всего суетного, Бог открылся ей. Как мы помним, Мария не получила должного образования, а теперь удивляла опытного ученого монаха Зосиму своими познаниями в области богословия. «Поверь мне, не видела я лица человеческого с тех пор, как узнала эту пустыню. Книгам никогда не училась. Не слышала даже никого, поющего или читающего их. Но Слово Божие, живое и действенное, само учит знанию человека».
По окончании беседы, Мария попросила старца Зосиму ровно через год вновь навестить её, и принести с собой Святые Дары для причастия. Зосима выполнил просьбу подвижницы, и как сказано в житии: «взяв в малый потир пречистого Тела и честной Крови Христа Бога нашего, положил в корзину смокв и фиников и немного чечевицы, размоченной в воде». Придя к Иордану, разлившемуся в весеннем паводке, он стал ждать появления Марии. И вот она пришла. Но вместо того, чтобы искать лодку или ещё какое-нибудь средство для пересечения реки, она: «осенила Иордан знамением Честного Креста (а ночь была лунная, как он сам рассказывал), и тотчас ступила на воду и движется по волнам, приближаясь к нему». Ужас объял Зосиму. Никто из их монастыря не показывал таких чудес, да и вряд ли смог бы. А тут женщина творит немыслимое. Причастив её, он попрощался, обещая прийти вновь через год, когда, то будет дозволено уставом монастыря. Это было второе и последнее причастие преподобной Марии.