После ликвидации Совета по делам религий отношения между епископом Мануилом и местной властью складываются по принципу прямых связей. Епископ активно выступает в средствах массовой информации, и пользуясь авторитетом, заставляет чиновников считаться с собой. Власти Карелии способствуют восстановлению разрушенных храмов, выделяя средства из государственного бюджета. В 1994 году усердием епископа Мануила завершился первый этап восстановления кафедрального собора, освященного в честь благоверного князя Александра Невского. Сам Мануил не пытается вмешиваться в республиканскую политику и подчеркивает политический нейтралитет церкви. Будучи избранным в 90‑м году депутатом Карельского Верховного Совета, он через два года работы добровольно сложил с себя депутатские полномочия и заявил, что на личном опыте убедился в невозможности сочетать пастырские обязанности с политической деятельностью. Надо заметить, что это событие произошло задолго до известного постановления Священного Синода, запретившего духовенству баллотироваться на выборные государственные должности.
Положение православной епархии осложняется здесь, как и в других автономных краях и республиках, национальным пробуждением местных народов, которые находятся на распутье в вопросе религиозного выбора. Если финны-ингерманландцы традиционно сохраняют лютеранство и открыто не претендуют на расширение своей религиозной деятельности, то с карелами и вепсами дела обстоят сложнее.
Традиционно принято считать эти народы православно ориентированными, но фактически они, как и прочее население, религиозно индифферентны и открыты двум основным веяниям: лютеранству и православию. Лидеры национальных партий и движений подыскивают необходимое религиозное обрамление для будущего национального развития. Понятно, что рассматривать в этом ключе нетрадиционные или сектантские религиозные течения серьезные руководители не станут. Лидеры вепских общественных организаций склоняются к традиционному православию. Они умеренны в своих политических требованиях и планируют жить в тесном союзе с русскими и Россией. Насколько мне известно, уже организована национальная вепская область на территории республики.