В своём взгляде на христианство Сведенборг дистанцировался как от католиков (Romano-Catholicos), так и протестантов (Reformates). К двум сущностям (binis Essentialibus) истинной церкви он относил учение о единстве и человечности Бога, а также необходимость покаяния и добрых дел.
Католическую Церковь он называл Вавилоном (AR 632) и Блудницей. Критиковал он и культ мёртвых (AR 718).
В протестантизме его не устраивало учение о спасении верой (Sola fide), что вело к отсутствию практики покаяния в среде протестантов. Sola fide, пишет Сведенборг, наводит на сердца протестантов тупость, извращения и жестокость (AR 461). Также он решительно отвергал концепцию первородного греха (AR 766).
В «Апокалипсисе Открытом» Сведенборг упоминает о существовании Церкви не только до воплощения Христа, но и до появления Израиля (AR 11). Это Древнейшая (Antiquissima Ecclesia) и Древняя (Ecclesia Antiqua) Церкви, которые существовали в Великой Тартарии (Magna Tartaria). Они почитали Старое Слово (Verbo Vetusto). Также он предполагал, что учение Древней Церкви было известно и древним египтянам (AR 503).
Каждая Церковь рано или поздно отходит от истины, поэтому насущно появление Новой Церкви (Nova Ecclesia), которая преодолела бы крайности протестантизма и католицизма. По мысли Сведенборга, она бы так была связана с рекой Евфрат, как Израильская церковь с рекой Иордан (AR 700).