Ещё одним его качеством была скромность. Он никогда не выставлял напоказ свои познания и не демонстрировал свои сверхъестественные способности. Рассказывая о различных стадиях духовной практики и признаках духовных достижений, он просто говорил: «Сказано, что, обретя соответствующую реализацию, вы получите этот опыт», никоим образом не выдавая, что говорит, как все мы знали, из своего собственного опыта. В наши дни, когда менее великие учителя спокойно хвастаются своими достижениями и могуществом, Кхьенце Ринпоче был образцом скромности и сдержанности.
Например, Кхьенце Ринпоче никогда не произносил ни слова о своих видениях. Согласно традиции «Сердечной сущности великого пространства», чтобы стать держателем линии передачи, необходимо в видении лицезреть Лонгченпу или Джигме Лингпу. Так сложилось, что в сердце Кхьенце Ринпоче особое место всегда занимал Оргьен Тобгьял Ринпоче, которого он знал с детства и который при помощи своей обезоруживающей прямоты всегда мог вытянуть у Кхьенце Ринпоче ответы на свои вопросы, что другим было не под силу. Однажды Кхьенце Ринпоче рассказал ему, как во время своего ретрита в Паро Тагцанге – Логове Тигра, одной из самых священных пещер Гуру Ринпоче, находящейся в Бутане, он узрел в видении Джигме Лингпу, который наделил его благословением своего ума мудрости, уполномочив как держателя линии передачи. В то время Ньошул Кхенпо Джамьянг Дордже составлял великую историю линии передачи учения дзогчен под названием «Чудесное ожерелье редких драгоценностей». Когда Оргьен Тобгьял рассказал ему о видении с Джигме Лингпой, тот захотел включить его описание в главу о жизни Дилго Кхьенце Ринпоче. Он подошёл к Кхьенце Ринпоче и спросил, действительно ли у него было такое видение. Кхьенце Ринпоче решительно опроверг это предположение, сказав, что у Оргьена Тобгьяла разыгралось воображение. Но Оргьен Тобгьял настаивал на том, что Кхьенце Ринпоче действительно рассказал ему о том случае. Таким образом, Ньошул Кхенпо написал в черновике своей рукописи такую фразу: «В частности, находясь в Паро Тагцанге в Бутане, Кхьенце Ринпоче был благословлён, узрев в видении Ригдзина Джигме Лингпу, который вверил ему передачу учений „Сердечной сущности“». Затем он снова отправился к Кхьенце Ринпоче и объяснил ему, почему написал эти строки, несмотря на то, что тот их опроверг. Он попросил проверить написанное, пообещав в случае ошибки всё исправить. Сперва казалось, что Кхьенце Ринпоче не желал проверять рукопись, и когда Кхенпо повторил свою просьбу, ответа не последовало. Однако чуть погодя Кхьенце Ринпоче как ни в чём ни бывало попросил показать ему нужную страницу. Он изучил её и спокойно сказал Ньошулу Кхенпо, что нет нужды что-либо исправлять.