Едва новость о разгроме Магненция дошла до Александрии, Афанасий спрятался в пустыне у монахов. Став инструментом шантажа императора Константа, дав втянуть себя в политику, он нажил себе самого высокопоставленного врага, – императора Констанция. Он публично унизил его своим непрошеным возращением в Александрию. Участь Афанасия была предрешена: арест и суд с обвинительным приговором.
Констанций, став единоличным владыкой Римского мира, объявил арианство государственной религией на Западе и Востоке. И обвинил Афанасия в государственном преступлении: он настраивал против него брата Константа, помогал деньгами узурпатору Магненцию. Люди императора искали Афанасия, но не могли найти. Найти его в пустыне было также тяжело, как найти иголку в стоге сена. Раздражённый Констанций предложил афанаситам Запада отлучить Афанасия от Церкви на соборе в Милане. Те возразили: сначала надо проверить обоснованность обвинений, заочное осуждение – против канона. Констанций ответил: «Моя воля – вот канон для вас». Епископы единогласно признали Афанасия государственным преступником. 14
Западная армия, которой руководил Юлиан, двоюродный брат Констанция, объявила его императором Запада (361). Констанций решил уничтожить Юлиана, но вдруг заболел и умер. Юлиан, наследовав власть Констанция, амнистировал Афанасия.
Афанасий занял престол Александрийской кафедры, оказавшийся вакантным якобы по случайному совпадению: накануне «язычники» убили арианина Георгия.
«Говорит Филосторгий, что в то самое время, когда Георгий… председательствовал в соборе… внезапно ворвались язычники и, схватив Георгия, долго ругались над его телом, а под конец предали огню. Нечестивый же сей писатель утверждает, будто бы руководителем сего злодеяния был Афанасий» (Фотий, 7: 2).