Так как Марджани любил знания, а шакирды очень ждали его, спустя 3–4 дня после своего приезда в Казань, в среду 26 мухаррама 1266 х. / 12 декабря 1849 г. он впервые вошёл в медресе для начала занятий. Когда шакирды спросили у него, с какого предмета начнётся обучение, Марджани ответил: «Урок начнём с того предмета, какой вы выберете сами. Но лучше всего будет начать с тафсира» и провёл урок тафсира38.
В то время Марджани проявлял большое усердие, уделял большое внимание преподаванию и довольно много времени проводил в медресе. Спустя год после своего назначения имамом умерла его первая жена, и он больше года жил один, не женился, большую часть времени трудясь на пути знаний. Директор и хозяин медресе Ибрахим-бай также отмечал образованность и усердие Марджани, гордился тем, что его медресе стало лучшим в округе. Ибрахим-бай очень уважал Марджани и старался во всём оказывать ему помощь и поддержку. Даже свадьба Марджани на третьем году назначения имамом и первая брачная ночь молодожёнов прошли в доме Ибрахим-бая.
Спустя год после назначения Марджани имамом скончался мулла Хабибулла ибн Рахманкули, имам 4-й мечети Казани, и многие его старшие шакирды также перешли к Марджани.
За пять лет успешной и плодотворной работы медресе Марджани взрастило следующих преданных пути знаний мыслящих людей: Хусаин ибн Фаизхан, Гаййас Махдум, Наджиб ибн Баймурат, мулла Гимран ибн Сагид ал-Багиши, знаменитый Камал-кари, имамы Казани: мулла Ахмад ибн Вафа и Худжа-Ахмад Музаффари.
Должно быть, в то время Марджани пользовался большим авторитетом, через три года после своего назначения имамом он получил участок в самом лучшем месте прихода и построил там дом.