Марджани сам пишет, что довольно много информации, использованной для написания книги «Гурфат ал-хавакин ли ма’рифат ал-хавакин» («Пригоршня знаний для познания хаканов»), он собрал именно в Бухаре.
Кроме этого работы «ат-Тарика ал-мусла ал-акида ал-хусна» («Достойным подражания путём и наилучшим убеждением»), «И’лам абна’ ад-дахр би-ахвал ахл маварааннахр» («Уведомлении сынов эпохи о положении жителей Мавераннахра»), «Шарх мукаддимат ар-рисала аш-шамсиййа» («Комментарии к введению трактата «Солнечный») он также написал в Бухаре. Очень внимательно читая книги в Бухаре, всю важную информацию и мысли, посетившие его при их прочтении, он записывал на полях этих произведений. Мы встретили довольно много таких заметок в книгах «‘Акида ан-Насафи», «Мулла Джалал». Можно сделать выводы, что некоторые из этих записей сделаны именно в Бухаре. Но многие из них были исправлены и дополнены по возвращении в Казань.
* * *
В Бухаре Марджани также занимался суфизмом и воспитанием души. Из известных шейхов сначала он начал общаться с сыном халифа Ниязкули (ишан Туркмани) шейхом ‘Убайд Аллахом. Этот человек был директором и учителем в медресе ишана халифа Ниязкули, был ишаном и занимался воспитанием муридов, умер в 1269 х./1852 г.
В год своего отъезда из Бухары Марджани связался с одним из известнейших шейхов ‘Абд ал-Кадир ибн Нияз Ахмадом ал-Фаруки ал-Хинди, известного как Сахибзаде. По словам Шихаб ад-дина, этот человек пользовался большим авторитетом, был авторитетным суфием, погружённым в поклонение. Умер в 1271 х./1855 г., и на его погребальный (джаназа) намаз пришло большинство жителей Бухары. Марджани несколько раз присутствовал на собраниях этого шейха и даже получил свидетельство об уровне его духовного воспитания и наличии права воспитывать других людей.