Ситуация в системе образования, как зеркало, отражала всю сложность духовных поисков татарского общества, силу и мощь устоявшихся представлений, которые выдавались за истину. Ученики Марджани тесно общались и устраивали дебаты с шакирдами других медресе. Как утверждает Ш. Шараф, «все его ученики были вынуждены следовать за течением того времени и посвятить себя таким предметам, как логика и калам. Шакирды той эпохи говорили: «Хорошо зная логику, можно изучить всё. Философские понятия являются ключом ко всем наукам». Поэтому они не уделяли должного внимания религиозным предметам». Ш. Шараф даже предполагает что «если бы Марджани обучал по методу, указанному в книге «Мукаддима», ученики, подверженные влиянию общего течения, покинули бы медресе, так как в нём не изучали бы считающиеся в то время важные предметы».
Сам Марджани очень переживал, что его реформаторские идеи не оказывают влияния на людей и что в их продвижении у него мало союзников. Иногда он открыто выражал недовольство методами преподавания и говорил: «Все мои планы относительно преподавания, которые я строил в Бухаре, не осуществились. Здесь тратят время на бесполезные занятия, а нужных предметов не изучают. Ах, такое уж время, что поделать! Я бы не преподавал ни один из нынешних предметов».
Ш. Шараф, подводя некоторые итоги деятельности Ш. Марджани в области образования, утверждает: «…хотя мысли Марджани о реформировании методов преподавания не встретили доброжелательный приём, они сделали своё дело. Его мысли и произведения распространились среди народа и дали толчок общественной мысли. Они подготовили народ к всеобщему пробуждению. С этого времени стали очевидны недостатки методов преподавания Бухары, появилось желание изменить школы и медресе. Когда был поднят вопрос о джадидском методе преподавания, прогрессивные татарские мыслители быстро поняли суть проблемы и стали преподавать, изменив систему образования в школах и медресе».