Помимо названных, в Бухаре не преподают Коран, хадисы, основы исламского права, арабскую литературу, географию, историю, философию, астрономию, нет даже намёка на них. Эти предметы не считаются необходимыми. В Бухаре также мало искренне увлечённых этими науками.
Также множество из используемых в Бухаре книг по исламскому праву написано учёными последнего времени (ал-мутааххирун), не обладающими совершенными знаниями. В этих книгах много мест, приписываемых великим учёным, основателям мазхабов, но написанных без смысла, с коверканием языка. Так как учёные Бухары по большей части пользуются данными книгами, их информация ничем не обоснована, беспочвенна. Они бессильны в вопросах исламского права, не осведомлены должным образом в целях шариата».
У Марджани и кроме этого много критики по отношению к учёным Бухары. Будучи в Бухаре, он посвятил этой теме книгу «И‘лам абна’ ад-дахр би-ахвал ахл Мавераннахр».
Несмотря на то что Марджани пытался говорить с учителями об изменении методов преподавания, это не дало результатов. Марджани рассказывал: «Будучи в Бухаре, я разговаривал с некоторыми своими преподавателями о существующих методах обучения. На что они мне только отвечали, что лишь говорить об этом легко, а вот изменить эти методы довольно сложно».
Должно быть, Марджани, будучи в Бухаре, не поднимал этот вопрос, как и Курсави, боясь притеснений по отношению к себе и возникновения смуты25. Со слов ученика Марджани Сабаджай- муллы Мухйи ас-Сунна, брошюру, посвящённую Бухаре и её учёным, он передал одному из своих друзей и просил распространить её после своей смерти.
Несмотря на то что критика Марджани Бухары не подействовала на жителей Бухары, она оказала влияние на татар26. Когда работы Марджани распространились, и народ узнал о методах преподавания, заведённых в Бухаре, люди приняли решение получать образование в других странах, начали ездить в Стамбул и Египет.