То ли из-за того, что Марджани посчитал, что недостаточно хорошо усвоил знания, полученные в медресе родной деревни, то ли из-за того, что больше доверял учителям медресе и хотел получить больше пользы от их уроков, то ли по совету отца – причина точно не ясна, но Марджани начал повторно изучать то, чему один раз уже обучался в медресе на родине. По приезде в Бухару своё обучение он начал с книги «Шарх ‘акида-ан-Насафи».
По нашим сведениям, в первые годы Марджани искренне посвятил себя учению, изучал предметы с усердием и твёрдостью. По правилам, заведённым в Бухаре, хорошо изучал комментарии и примечания, прилежно выполнял уроки, хорошо работал и отвечал на занятиях и числился среди лучших учащихся. В то время, когда другие шакирды пересказывали толкования и примечания, Марджани высказывал личные взгляды и мысли, чем привлекал внимание своих преподавателей. Приметив, что Марджани был сообразителен и талантлив, через год преподаватели стали советовать некоторым своим ученикам обучаться у Марджани, а через два-три года и вовсе рекомендовали брать индивидуальные уроки у Марджани. Марджани, таким образом, некоторое время посещал уроки и получил сведения о порядках в Бухаре, но при этом остался недоволен методами их преподавания. Марджани, который поехал в Бухару с целью получить знания и стать совершенным во всех отношениях человеком, считал нецелесообразным посвятить жизнь чтению комментариев, примечаний, бесполезным спорам по логике и каламу, не приветствовал чтение лишь вводной части и пролога всех книг. Он очень удивлялся и огорчался тому, что в медресе, в которых религиозные предметы должны преподаваться в первую очередь, не обучали Корану, хадисам и арабской литературе.
Здесь уместно привести высказывание Марджани о методах преподавания в Бухаре из «Мукаддимат вафиййат ал-аслаф». Марджани пишет: «Несмотря на то что наш народ в вопросах преподавания ориентируется на Бухару и с почтением называет её Благородной Бухарой (Бухараи шариф), народ и правители Бухары очень далеки от просвещения. Управление здесь испорчено, а методы преподавания беспорядочны.