По приезде в Бухару Марджани надо было обосноваться в одном из медресе и снять себе комнату. Несмотря на то что медресе и комнаты в Бухаре были имуществом, завещанным на благотворительные цели, т. е. вукуфными, шакирдам их всё-таки сдавали за деньги. Так как комнаты приносили и некоторую прибыль, шакирды, приехавшие издалека, старались найти комнату даже на последние деньги. Марджани также нашёл себе самую дешёвую комнату в медресе ишана халифа Ниязкули23, которая обошлась ему в 35 рублей.
Потом он начал получать уроки у одного из старейших и заслуженных учителей Бухары дамеллы Мирза-Салих А‘лам ибн Надир-Мухаммад ибн ‘Абд Аллах ал-Фиргани ал-Худжанди. Дамелла Мирза-Салих вскоре скончался, а Марджани с пользой для себя продолжал получать образование у других уважаемых преподавателей Бухары.
В этом месте мы вкратце приведём биографии учителей Марджани в Бухаре24.
1. Дамелла Мирза-Салих А‘лам. Одно время был кади (судьёй) в Бухаре. Большую часть времени посвятил преподаванию. Достиг самого высшего из званий, даваемых учёным – А‘лам (научённейший). Прожил долгую жизнь, был учителем и Марджани, и его отца Бахаутдина. Умер в 1256 х./1840 г. в возрасте 80 лет.
2. Дамелла Мухаммад ибн Сафар ал-Худжанди. В своё время был одним из уважаемых учителей Бухары, имел тесные отношения и с эмирами. Среди народа был известен как Хаджи-бай, а позже Амиром Хайдаром был наречён Мухаммадом. Про него Марджани пишет так: «Он был умным, острым на язык, в его одежде присутствовала церемонность. Намаз совершал с большой внимательностью и точностью, в вопросах вероубеждения хорошо понимал слова известных учёных. Однажды его отношения с эмиром испортились, ему запретили преподавать, из-за чего он испытал много лишений». Марджани очень любил этого учителя и никогда не пропускал его уроки по разным предметам. Умер Дамелла Мухаммад в 1267 х./1850 г.