Из-за своего усердия, таланта, любви к знаниям Марджани быстро приковал к себе внимание шакирдов и учителей в медресе, уже в юности он прославился своим уровнем знаний и в 17 лет начал преподавать в медресе отца.
Начав обучать в медресе, он стал задумываться о предмете, который преподавал, критично относился к урокам, выявлял недостатки в методах образования и отрекался от тех, которые противоречили здравому смыслу. Он также нашёл нужным изменить метод преподавания некоторых предметов, поведав об этом своему отцу. Не встретив возражений, Марджани ещё больше утвердился в своих взглядах и принял решение обучать некоторым предметам так, как посчитает нужным сам.
Прежде всего в преподавании внимание Марджани привлекла морфология, изложенная на персидском. Он волновался, когда ученикам приходилось осваивать правила арабского языка на основе персидских учебников, путаться между этими двумя языками. Он счёл нужным внести изменения и стал обучать детей на основе учебников, написанных им самим. Его младший брат Садрутдин так пишет об этом: «Марджани с детства задумывался над всем. Прежде чем приступить к какому-либо делу, он внимательно продумывал его, прокручивал у себя в голове. Поэтому ему было присуще не только не признавать, но и вносить изменения в то, что было распространено в те годы. Например, ему было 17 лет, когда он учился и начал обучать других в медресе нашего отца Бахаутдина.
Ему не нравились учебники арабской морфологии и синтаксиса тех времён, поэтому обучал этим предметам по-своему. Много лет у меня хранилась его книга по морфологии арабского языка, по которой он преподавал. Не знаю, куда она делась сейчас. Кроме этого он также написал довольно объёмную книгу для детей о видах поклонения, в которой приводились и разные дуа».