Окончив изучение морфологии и синтаксиса у своих учителей, Марджани приступил к получению знаний у своего отца.
Исламское право он изучал по книгам «Мухтасар ал-викаййа», «Шарх ал-викаййа», калам – по «Шарх ал-‘акаид ан-насафийа», логику – по «Шамсиййа», а законы – по «Таудих» и «Талвих». Так как в то время в медресе не преподавались тафсир, хадисы, красноречие, история, математика и естествознание, 10–15 лет учёбы учеников сводились к чтению 5-10 книг и ознакомлению с отдельными источниками, более подробно толкующими смысл этих книг (шарх и хашийа). Ученики посещали лишь по одному уроку в день, не было обычая проводить 4–5 уроков.
Так как Марджани также обучался в медресе этим предметам, если бы он удовлетворился только этими знаниями, он, подобно своим сверстникам, вырос бы молодым человеком с ограниченным мировоззрением и взглядами. Но Марджани уже в детстве выказывал недовольство таким образованием, хотел знать обо всём, [ища нужные сведения] перепутывал все записи и книги на столе отца. За это ему частенько попадало от родителя.
Марджани старался прочитать и понять арабские книги, хранившиеся в библиотеке отца и деда, поэтому довольно много времени проводил за чтением.
Из-за отсутствия в то время определённого порядка в обучении чтению арабских текстов, понимание учениками арабских книг достигалось больше их собственными усилиями, нежели знаниями их учителей. Поэтому для понимания таких произведений Марджани был вынужден прилагать усилия сам. Морфологии и синтаксиса было недостаточно: словарный запас был ограничен. Поэтому Марджани приходилось немало помучиться, чтобы понять сложные тексты.