Несмотря на то что Марджани хотел продолжать заниматься этим делом, терпеливо снося все трудности, позже между ним, инспекторами и учителями этой школы возникли разногласия, и он был вынужден оставить эту работу. Главной причиной этого было следующее. Марджани считал, что для жизни татарской нации и её развития, для сохранения религии и народа необходимо увеличить число татар, владеющих религиозными знаниями и знающих русский язык. По его мнению, именно эти люди должны служить народу в качестве имамов или учителей. Радлов был солидарен с ним в этом мнении и часто говорил: «Лучший путь для прогресса татар – увеличение числа мулл, хорошо знающих и русский язык». (Эти слова я неоднократно слышал от Фасихутдина-эфенди, работавшего в этой школе учителем религии.)
Воплощая в жизнь эту идею, Марджани старался принимать в школу лишь людей, кроме арабской морфологии и синтаксиса ещё знающих и исламские науки. Он считал, что обучение русскому языку человека, не умеющего ни читать, ни писать по-мусульмански, не знающего ничего об исламе, может стать причиной его отдаления от родного языка и письменности, и поэтому по возможности старался не брать таких людей. Он не ждал ничего хорошего от обучения русскому языку тех, кто не имел представления о своей религии, родном языке и письменности. Часто перед учениками Марджани так высказывался по этому вопросу: «Ислам не против изучения языков других народов и получения образования. Ислам пытается пробудить в людях интерес к различным наукам. Но прежде всего нужно хорошо знать ислам и исправить вероубеждение. Если вера будет крепкой, лишь изучение русского языка не навредит. А вот обучаться только русскому языку, не зная ничего об исламе – дело неподобающее». (Мы многократно слышали эти слова от учеников Марджани.)