После того, как в декабре 1862 года Томас Уоттерс был выдвинут на пост Королевским колледжем и сдал экзамен в Китайской консульской службе, в феврале 1863 года он был направлен в Пекин в качестве переводчика-стажёра. После периода работы переводчиком в Тяньсине Уоттерс был повышен до исполняющего обязанности переводчика и направлен в новое британское консульство в Такао (Формоза или Тайвань) в качестве помощника британского консула Роберта Суинхоу.
В 1887-1888 гг. он был назначен исполняющим обязанности генерального консула в Корее, в 1891-1893 гг. – в Гуанчжоу, а затем до апреля 1895 г. – консулом в Фучжоу, когда ухудшение здоровья вынудило его уйти в отставку после 32 лет службы на Дальнем Востоке.
Что касается литературной карьеры Уоттерса, то следует отметить, что как только он овладел китайским, он приступил к записям своих наблюдений. В 1870-х годах Уоттерс, очевидно, путешествовал с внушительной коллекцией книг, включая множество «на санскрите и немецком». Более того, из консульских документов следует, что в этот период он потерял должность консула и остался на службе только в качестве переводчика. Однако несомненно, что Уоттерс всегда стремился понять культуру, в которой жил.
Первая опубликованная работа Томаса Уоттерса называлась «Китайские представления о голубях и горлицах», она появилась в декабрьском выпуске «Журнала Северокитайского отделения Королевского азиатского общества» за 1867 год (том 4). Работа в основном представляет собой сравнение западного и китайского деления Columbidae (鳩) (семейство голубиных).
Значительная часть книги посвящена китайским представлениям о медицинской ценности голубя или голубки, с точки зрения способности различных частей его тела лечить болезни, для чего белизна окраски голубя являлась благоприятным знаком. Уоттерс также пишет, что птицы считались сладострастными и одновременно слыли образцами сыновней почтительности.
В 1874 году Уоттерс опубликовал в том же журнале ещё одну статью под названием «Мифы о китайских лисах» – первую заметку на английском языке о мифах и верованиях, лежавших в основе популярных китайских народных сказок о лисах.