Номинально во главе страны стоял каган из древнего тюркютского рода Ашина (волк), исповедовавший иудаизм. Но его власть была номинальной, его лишь показывали народу раз в году. Фактически страной правил царь (бек) еврейского происхождения. Его титул передавался от отца к сыну.
Эта система власти установилась после эпохи гражданских войн, продолжавшейся несколько десятилетий. Константин Багрянородный пишет об этой эпохе:
«Когда у них произошло отделение от их власти и возгорелась междоусобная война, первая часть одержала верх и одни из них (восставших) была перебиты, другие убежали и поселились с турками (венграми) в нынешней печенежской земле».
В борьбе, по-видимому, погиб и сам Обадия, и оба его сына – Езекия и Манасия. Власть перешла к брату Обадии Ханукке.
Все более значительной частью бюджета Хазарии становились торговые пошлины. Этими капиталами оплачивалось наемное войско, на котором держалась власть. Войско состояло в основном из тюркских воинов, но возглавлялось иудейским военачальником. В случае поражения воины подлежали казни, военачальник – конфискации имущества. Именно это наемное войско и обеспечило победу в гражданской войне: «Иудейское правительство обзавелось наемной армией и стало независимым от народа». «Значительная часть хазарского населения была истреблена». Новая власть утвердилась к середине IX в.
В IX в. власть Хазарии распространялась на Восточно-Европейские степи и прилегающие северные области, занятые славянами. «Повесть временных лет» сообщает под 884 г., что хазарам платили дань поляне, северяне, вятичи, родимичи. В 1-й половине X в. хазарский вельможа Песах, согласно еврейскому источнику, разбил войско русов и начал войну против русского князя Хельги. Он принудил русов выступить против Византии. В том же документе говорится: «Тогда-то стали русы подчинены власти хазар». Артамонов считает, что «выступление против Византии» подразумевает поход Игоря на Константинополь, окончившийся неудачей. Однако, он отрицает «подчинение Руси хазарам», считая, что речь идет о союзе, обеспечивавшем тылы русов на время похода.