Не менее известным был его ученик, игумен Пантелеймонова монастыря архимандрит Макарий. Архим. Макарий (в миру Михаил Иванович Сушкин) родился в г. Туле в купеческой семье. В 1851 г. он прибыл на Афон, где внезапно заболел и принял постриг в ноябре того же года. Выздоровев, о. Макарий под руководством о. Иеронима вскоре стал одним из самых ревностных монахов Пантелеймоновского монастыря. Видя высокую духовную жизнь своего ученика и его несомненные способности, Иероним стал готовить его к настоятельству. Вскоре после прибытия Макария в монастыре начались попытки вытеснить русских. Греки старались ограничить их число, так чтобы они составляли не более братии. Наибольшей остроты конфликт достиг к началу 1870-х годов. Не добившись признания на Афоне, русские монахи предоставили дело патриархату. При поддержке патриарха Иоакима II и активном содействии российского посла Н. П. Игнатьева в 1875 г. спор был решен в пользу русских, монастырь официально получил наименование русского, а о. Макарий был назначен игуменом20. Во время русско-турецкой войны 1877–1878 гг. отношения снова обострились, но уже по Сан-Стефанскому миру русские приравнивались в своих правах к грекам; Ильинский и Андреевский скиты были названы русскими обителями наравне с Пантелеймоновским монастырем (статья 22). Согласно 62 статье Берлинского трактата русские монахи Афона пользовались покровительством России через ее дипломатических представителей21.
После 1878 г. начался период наивысшего расцвета русского монашества на Афоне; теперь можно с полным правом говорить не просто о русском присутствии на Св. Горе, но о Русском Афоне как весомой церковно-политической единице на православном Востоке. Более чем четырехтысячное русское монашество на Афоне являлось опорой для восточной политики русского правительства. Пантелеймонов монастырь служил моральной поддержкой для русских организаций на Востоке. Так, при основании Императорского Православного Палестинского общества его будущий секретарь В. Н. Хитрово писал: «Хотя Пантелеймоновский монастырь не входит в круг деятельности нашего Общества, тем не менее, не только игнорировать мы его не можем, но наоборот, мы должны его поддерживать и ему оказывать содействие всеми нашими силами. Такой монастырь в Святой Земле (если бы был возможен!) был бы все, чего мы могли бы ожидать и желать. Это русский клин, и к тому же единственный, вбитый на Востоке»22.