Теперь на смену спорадическому насилию в отношении сектантов-евангеликов пришло полномасштабное, систематическое преследование. Наказание налагалось не только за обращение других, но и просто за участие в штундистских собраниях. На протяжении десятилетия с конца 1894 – начала 1895 годов многие лидеры движения были приговорены к тюремному заключению или ссылке: Никита Воронин, первый обращенный из Тифлиса, был сослан в Вологду под полицейский надзор на четыре года, Ивана Рябошапку сослали из Херсонской губернии в Эривань на пять лет, а Василий Иванов, который уже тогда был видным странствующим проповедником, был закован в кандалы и на пять лет сослан в Слуцк. Многие верующие пытались избежать преследования, переселившись в Сибирь или Центральную Азию. Другие бежали заграницу. Василий Павлов, освободившись из ссылки в Оренбурге в 1895 г., уехал в румынский город Тулчу, Иван Проханов, молодой проповедник из Петербурга, в 1895 г. отправился в Стокгольм, а оттуда – в Гамбург, Париж и, наконец, в Англию [История евангельских христиан-баптистов 1989: 119–121].
Во время судебных процессов по этим делам возник вопрос, по каким признакам можно считать обвиняемого штундистом. Ответчики обычно называли себя не штундистами, а баптистами, евангельскими христианами или христианами веры евангельской. Они настаивали, что не подпадают под критерии, указанные в циркуляре 1894 г.: они не отрицают власть и все таинства. Во многих случаях приводились программные заявления (Исповедание веры) баптистов: «существующие же власти от Бога установлены» или «мы считаем себя обязанными оказывать безусловное повиновение их законам, если таковые не ограничивают свободного исполнения обязанностей нашей христианской веры». Вместе с тем эксперты, которые привлекались для того, чтобы определить, являлись ли обвиняемые штундистами, обычно принадлежали к церковной противосектантской миссии: они принципиально отрицали, что среди русских могут быть баптисты, и настаивали, что все ответчики штундисты. Некоторые наблюдатели с беспокойством отмечали, что эти консультанты часто пользовались определением «штунды», данным в циркуляре 1894 г., в качестве «доказательства» особого вреда, исходящего от тех, кого они называли штундистами [Преследование баптистов 1902: v-vi; 70–77; Ясевич-Бородаевская 1912: 37-108; Бобрищев-Пушкин 1902: 139–150, 160; Мельгунов 1903].