Гносеологические и онтологические взгляды Хомякова тесно связаны с богословскими воззрениями мыслителя, и в первую очередь с его экклезиологией. В Церкви особое значение имеет духовная связь, «соборно» объединяющая множество верующих в «любви и истине». Подлинный идеал церковной жизни сохраняет, по убеждению славянофила, только православие, гармонически сочетая единство и свободу и тем самым реализуя важнейший для христианства принцип соборности. Напротив, в католицизме и протестантизме принцип соборности исторически нарушен. В первом случае – во имя единства, во втором – во имя свободы. Но и в католицизме, и в протестантизме, как доказывал Хомяков, измена «соборному» началу привела только к торжеству рационализма, враждебного «духу Церкви».
Критикуя рационализм, лидер славянофилов формулировал собственную онтологическую позицию. В основе последней у Хомякова лежит идея «волящего разума» (Бога) как первоначала всего сущего: «и мир явлений возникает из свободной воли»25. В сущности, его онтология – это в первую очередь опыт философского воспроизведения интеллектуальной традиции патристики, претендующий скорее на верность духу образца, чем на оригинальность. В историко-философском плане существенно также и то, что «обращение к воле как онтологическому корню не сближает… концепцию Хомякова с иррационалистическим волюнтаризмом (А. Шопенгауэр, Э. Гартман, Л. Шестов), разводящим волю и разум, – так как он настаивает на разумном характере воли»26.
Размышляя о возможностях и задачах познания и отвергая рационализм, Хомяков признавал необходимость цельного знания («живознания»), источником которого также выступает «соборность» как «совокупность мышлений, связанных любовью»27. Религиозно-нравственное начало, таким образом, играет определяющую роль и в познавательной деятельности, оказываясь как предпосылкой, так и конечной целью познавательного процесса. Как писал Хомяков, все этапы и формы познания, то есть «вся лестница получает свою характеристику от высшей степени – веры»28. Можно сказать, что в данном случае мы имеем дело с «русским» вариантом классического принципа христианской богословской традиции: «верую, дабы понимать».