Особенно выросла власть обер-прокурора в эпоху К. П. Победоносцева, занимавшего этот пост более 25 лет – с апреля 1880 по октябрь 1905 гг. Убежденный в необходимости сохранения в империи status quo, Победоносцев стремился сделать Церковь оплотом консерватизма, при этом никак не желая уменьшить государственную опеку над ней. Церковно-общественные действия, которыми прославилось царствование Александра III (с 1881 по 1894 гг. прошло 17 юбилейных торжеств), не содействовали укреплению церковного авторитета и усилению нравственных позиций Церкви в русском обществе, хотя и вошли в историю как эпоха «русского клерикализма». По словам современного исследователя, «„русский клерикализм“ 1880-х можно определить как „светский клерикализм“: не наступление самостоятельной Церкви на общество, а попытки конфессионализации общественной жизни через несамостоятельную Церковь-орудие при значительной помощи чисто светских средств»59.
Итак, Церковь находилась под неослабевающей государственной опекой, доказательством которой можно считать всесилие обер-прокурора Святейшего Синода. Даже такой тонкий человек, как К. П. Победоносцев, полагал вполне естественным оправдывать петровские реформы, считая синодальное устройство правомерным и полезным для церковно-государственных отношений в России. В революционном 1905 г., когда встал вопрос о проведении реформы высшего церковного управления и созыве Поместного Собора, Победоносцев использовал все свое влияние, чтобы убедить самодержца в опасности изменения старых церковно-государственных отношений. «Петр, – указывал обер-прокурор, – приступив к преобразованию всего государственного строя, видел, что так дальше идти не может дело при новых порядках, и учреждением Синода закрепил и упрочил связь Церкви с государством». Основы этого учреждения, полагал Победоносцев, необходимо было охранять для блага России. «Иначе при нынешнем потрясении умов – опять смута, гибельная для Церкви и для государства»60.