Золотой храм был захвачен 5 июня. Это был не лучший день для проведения контроперации против сепаратистов. 5 июня – день мученичества почитаемого святого, гуру Арун Дева. И отметить эту дату к храму пришло множество верующих. Индира Ганди совершила фатальный политический промах, доверившись своим советникам в этом вопросе и дав „добро“ на штурм святыни в особый для сикхов день. Войска при штурме несли большие потери из-за плотного огня осажденных. Разведчики Бхиндранвале подбили бронетранспортер. Тогда вступили в бой танковые войска, начавшие вести огонь от священного водоема. Лучшая часть архитектурного памятника превратилась в руины.
Бхиндранвале и генерал, помогавший ему, Шахбег Сингх заплатите за свою авантюру жизнью: их тела были обнаружены 7 июня. Вместе с ними погибло большое количество верующих, безоружных людей, попавших под перекрестный огонь при штурме. Многие служители храма и странники тоже были убиты, хотя не участвовали в планах Бхиндранвале. Не менее жестоко армейцы обошлись и с захваченными на территории храма мирными пленными. Вот что свидетельствует об этом один из документов:
„Армия заблокировала 60 пилигримов в одной комнате и заколотила не только двери, но и окно. Электричество было отключено. Ночь с 5-го на 6-е была очень жаркой… дверь открыли в 8.00 утра 6 июня. К этому времени пятьдесят человек из шестидесяти умерло“.
Они задохнулись в изолированной комнате. Трудно даже объяснить, зачем была совершена эта безумная акция. Считается, что это преступление было результатом ненависти к сикхам со стороны части армейцев, ненависти не столько религиозной, сколько привитой воспитанием вследствие давней „традиционной“ вражды.
Даже противники Бхиндранвале среди сикхов были ошеломлены происшедшей трагедией, их религиозные чувства были жестоко оскорблены. Пресса тех дней в Индии отмечала… равнодушие части населения и правительства к происшедшему кровопролитию. А часть индуистов в Амритсаре и других городах… праздновали это зловещее событие и раздавали детям конфеты. И в то же время стали сиротами тысячи детей, чьи родители погибли при трагедии в Золотом храме.