В отдаленной обители, на диком острове, отшельник Божий в течение девяти лет несет тяжкие труды послушника, работая то на огородах, то в пекарне, по словам жизнеописания, «без ропота, со страхом Божиим, в совершенной простоте, с полным смирением и теплой ко всем любовью; тело свое обременял трудами, душу же услаждал поучением святых отцев». Затем в том же духе смирения и любви совершаются им еще тягчайшие труды по должности игумена Соловецкой обители. Наконец, по желанию Грозного, паче же по воле Господа-Пастыреначальника, он является на престоле всероссийского митрополита.
Великий светильник поставляется на свещник в самое горькое для России время, время страшной опричнины, истязаний, кровопролития, убийств. Святитель Божий знал, что ожидает его, и готовился. «Когда наступит время подвига, не должен я ослабевать», – говорил он Иоанну Грозному, убеждая его уничтожить опричнину. Наконец пришла эта великая в истории Церкви и царства минута. Доблестный архипастырь, решившийся положить душу свою за овец своих, во святом храме, с силой и твердостью почти беспримерными, пред всей церковью обличает заблуждение и беззаконие Иоанна! Скажи, праведная душа, что давало тебе силу и крепость, дерзновение и мужество в эту великую и страшную минуту? Тот же страх Божий, братия, который с колыбели был насажден в душе его, ободрял и укреплял его в великом подвиге. В страхе Божием он почерпал силу против страха человеческого, помня слово Господне: не бойтеся убивающих тело, душу же не могущих убить, а бойтесь более Того, Кто может и душу и тело погубить в геенне. (Мф. 10, 28).
в) Какие бедствия обрушились затем на голову святителя: клеветы, неправедный суд, ужасы заточения и мученическая смерть! Везде ободрением и утешением его была мысль о Господе. Когда Грозный прислал ему отсеченную голову любимого племянника и ждал, что это поколеблет твердость святителя, св. Филипп не смутился, благословил, поцеловал ее и сказал: блажен, его же избрал и приял еси Господи! Тот же страх Божий дал ему с непоколебимой твердостью и бодрым духом встретить и последнюю минуту жизни. «Благословляют только добрых и на добро, – делай то, зачем ты послан», – сказал он лицемерно упавшему, яко бы для благословения, к ногам его убийце!