Но скоординировать и объединить усилия различных русских учреждений в Палестине, взять на себя и помощь паломникам, и поддержку Иерусалимского патриархата, и просвещение арабского православного населения, и укрепление русского политического и духовного влияния в регионе – могла только единая мощная организация, с четкими финансовыми механизмами, с рычагами воздействия в МИДе, Синоде и других высших российских инстанциях. Словом, встал вопрос о создании частного, независимого от государственных структур Общества с широкой массовой основой – и одновременно с поддержкой на самом высоком уровне. Так, под патронатом церкви, государства, правительства, правящей династии, было создано Православное Палестинское Общество. 8 мая 1882 г. был высочайше утвержден его устав, а 21 мая во дворце великого князя Николая Николаевича Старшего состоялось его торжественное открытие.
В первый же год в число почетных членов новой организации вошло 13 членов царской семьи во главе с Александром III и императрицей Марией Федоровной. Все премьер-министры, министры иностранных дел, обер-прокуроры Св. Синода – состояли в разные годы в Палестинском Обществе.
Результатом работы Общества в Святой Земле стало формирование уникального культурного и исторического феномена – Русской Палестины. Архитектурные памятники, связанные с деятельностью Общества, доныне во многом определяют исторический облик Иерусалима. Первым по времени был ансамбль Русских Построек, включающий Троицкий собор, здание Русской Духовной Миссии, консульство, Елизаветинское и Мариинское подворья и Русскую больницу, – унаследованный ИППО от Палестинской Комиссии. Дивный храм Марии Магдалины на склоне Елеона (освящен 1 октября 1888 г.) построен в память императрицы Марии Александровны, многолетней покровительницы и благотворительницы русского дела в регионе. В самом сердце Старого города, близ храма Гроба Господня, расположено Александровское подворье, вместившее евангельский Порог Судных Врат и храм Александра Невского, освященный 22 мая 1896 г. в память об основателе Общества Александре III Миротворце. На улице Пророков сохранилось Вениаминовское подворье, подаренное Обществу в 1891 г. игуменом Вениамином (Лукьяновым). Самым поздним в ряду иерусалимских проектов стало Николаевское по дворье, названное так в память о последнем российском самодержце (освящено 6 декабря 1905 г.).