Наиболее почитаемая реликвия монастыря – нетленная кисть десницы святой равноапостольной Марии Магдалины, которая, согласно преданию, коснулась Самого Христа и поклониться которой приходят множество паломников со всего света. Она более двух тысячелетий чудесно сохраняет тепло человеческого тела: это ощущает каждый, прикладывающийся к ней.
Также здесь хранятся: фрагмент Честного Древа Животворящего Креста Господня; стопа святого мученика Кирика; честная глава Святого Павла Исповедника, патриарха Константинопольского; глава святого Модеста, патриарха Иерусалимского; лик святого мученика Сергия, на котором виден шрам, оставшийся от удара во время его мучений; кровь святого Димитрия Солунского; правая рука святого Дионисия Ареопагита.
Частицы мощей Иоанна Крестителя; святого Харалампия; святой Феодоры Александрийской; святого Симеона Столпника; преподобного Дионисия Закинфского; святых безсребреников Космы и Дамиана; святого великомученика Пантелеимона; великомученицы Параскевы; преподобного пророка Наума и многих других святых.
В отдельных церквях покоятся: часть руки преподобномученицы Евдокии и часть руки великомученицы Варвары.
Гордость монастыря составляет обширная библиотека. Среди манускриптов на греческом, турецком и румынском языках огромное количество печатных книг, певческие манускрипты и уникальные старинные ноты церковных песнопений.
В сгоревшей библиотеке монастыря хранились 42 кодекса X–XIV веков, написанных на пергаменте, и 210 кодексов XIV–XIX веков, написанных на бумаге.
В сокровищнице Симонопетры хранятся иконы, печати, гравюры церковные одеяния и головные уборы, серебряные изделия, антиминсы, клейми, а в костнице – многочисленные черепа и кости монахов. Стоит отметить, что весь сохранившийся материал является поствизантийского происхождения.
Раньше монастырь на плодородных землях имел большое количество подворий с фермами, самым старым из которых является Петриотико в Ситонии. На сегодняшний день подворья обители находятся в Халкидиках, Фессалониках, Афинах, а также за рубежом: в Румынии и во Франции.