В результате изменилась роль устава. В общежитии видели уже не столько путь к достижению высоты богопознания, сколько практическое средство уберечься хотя бы от самых пагубных пороков. Главным в духовном делании теперь считалось послушание, безпрекословное подчинение, всвязи с чем особенно подчеркивается роль игумена.
Русский учёный-паломник архимандрит Антонин (Капустин) отмечал, что полное подчинение игумену возможно лишь там, где игумен есть достойный представитель единой воли, подобный святому Афанасию и другим. Однако же, где нет игуменства делом, игумена-отца, а есть только игумен именем, игумен-господин, там и в общежитии представляются камни преткновения, не меньшие, чем в своежитии.
В 1622 году в обители случился очередной пожар повредивший собрание монастырских летописей. Вскоре монастырь был восстановлен, но в 1626 году горел вновь, что привело к полнейшему упадку, и обитель надолго опустела.
В 1762 году сюда прибыл иеромонах Паисий Величковский, оказавший монастырю серьёзную помощь.
В конце XVIII века усилиями святителя Иоасафа Митиленского, епископа Белгородского, обитель вновь ожила. Известный церковный деятель выкупил для монастыря часть подворий и нетленную десницу Марии Магдалины.
Монастырь Симонопетра благодаря своей неповторимой архитектуре никогда не подвергался пиратским набегам. Трудным временем для него был лишь период борьбы Греции за независимость, когда турки наложили налог на монастырь, вследствие чего монахи оставили обитель. В 1821 году большинство монахов покинули Асимопетру (как стала называться обитель в период турецкого гнёта) как и многие другие монастыри.
Во время греческой революции монастырь был захвачен 60-ю оттоманскими солдатами, и оказался полностью заброшенным. Монахи не могли содержать оккупантов, и были вынуждены разрушить обитель. До этого они уже сожгли этажи, иконы, книги и разобрали свинцовую крышу храма. Однако через 4 года иноки вернулись и восстановили монастырь.
Многие древние реликвии были уничтожены пожаром 1891 года, в котором выгорело большинство зданий, собор, сгорела библиотека, были утрачены многие реликвии.