Начался второй штурм, который восставшими советскими воинами также был успешно отбит. Место боя к тому времени душманы и военнослужащие пакистанской армии при поддержке бронетехники и артиллерии 11 армейского корпуса Вооружённых сил Пакистана блокировали тройным кольцом окружения. В воздухе барражировали самолёты ВВС Пакистана. Жесточайшие боестолкновения продолжались всю ночь. Штурм следовал за штурмом, силы восставших таяли, однако и нападавшие несли ощутимые потери.
27 апреля Раббани снова потребовал сдаться и снова получил отказ. Он приказал вывести тяжёлую артиллерию на прямую наводку и штурмовать крепость. Началась артподготовка и затем штурм, в котором участвовали артиллерия, тяжёлая техника и звено вертолётов пакистанских ВВС. Когда войска ворвались в крепость, оставшиеся раненые советские военнопленные взорвали арсенал, сами погибли и уничтожили значительные силы противника.
Дорого заплатили афганские мятежники за попытку вернуть базу. При штурме погибли 28 пакистанских военных и 9 представителей власти, более сотни моджахедов и 6 американских советников. Полностью был уничтожен арсенал, в числе потерь 3 установки «Град», около 40 единиц орудий, миномётов и пулемётов, десятки тысяч ракет и снарядов. Погибла и канцелярия тюрьмы, а с ней, к сожалению, и списки узников. В результате штурма учебная база Бадабера прекратила своё существование. В настоящее время на этом месте одни развалины. Где-то там покоятся и останки восставших советских солдат и офицеров.
Впоследствии стали известны имена советских военнопленных: это лейтенант Сабуров С.И. 1960 года рождения, младшие лейтенанты Кирюшкин Г.В. (1964), Кашлаков Г.А. (1958). Сержант Васильев П.П. (1960), младшие сержанты Рязанцев С.Е. (1963), Саминь Н.Г. (1964), ефрейтор Дудкин Н.И. (1961). Рядовые Васьков И.Н. (1963), Варварян М.А. (1960), Павлютенков (1962), Рахимкулов Р.Р. (1961), Левчишин С.Н. (1964), Зверкович А.Н. (1964), Коршенко С.В. (1964). Служащий Советской Армии Шевченко Н.И.