Позднее большой урон нанёс обители пожар 1767 года, уничтоживший всё восточное крыло монастыря. В его восстановлении значительное содействие оказал Матфей II, Патриарх Александрийский, бывший монахом этой обители и скончавшийся в 1775 году. Святейший не только помогал родной обители, но и немало сделал для защиты Православия в непростую пору экспансии западных миссионеров. Последние годы своей жизни он также провёл в Кутлумуше и погребён у северной стороны главного собора монастыря снаружи.
В XIX веке во время греческого восстания Кутлумуш, как и другие святогорские монастыри сильно пострадал от турок. В 1856 году в обители было восстановлено общежитие. В 1857 и 1870 годах огонь снова нанёс серьёзный ущерб постройкам Кутлумуша. Усилиями деятельного игумена Мелетия велось успешное возрождение монастыря, пострадавшего от пожаров.
В середине XX века Кутлумуш снова переживал период запустения и угасания. Новая эпоха в жизни монастыря началась с приходом братии во главе с игуменом Христодулом. Удалось не только восстановить внешнее благолепие, но и возродить древнюю обитель духовно.
Кутлумуш в плане имеет вид строгого четырёхугольника и окружён стенами с келиями в три этажа. В западной стене, в верхнем ярусе находится трапеза, и двое ворот – в северном фасе. В средине расположен пятиглавый Соборный храм, построенный в 1540 году и освящённый в честь Преображения Господня. Он представляет собой типичный образец афонской архитектуры. В том же году храм был расписан фресками и благолепно украшен.
Фрески неплохо сохранились, но большая их часть, к сожалению, скрыта под более поздними росписями. В литийном притворе фрески 1744 года, которые, в отличие от древних росписей собора, сохранились в полном объёме. Деревянный резной золочённый иконостас XIX века считается одним из самых красивых на Святой Горе. Пол во всём храме выстлан мраморными плитами. Купол Собора и монастырская колокольня сооружены в 1808 году.